В подсистеме «Учет банковских операций» ведется учет операций на расчетных счетах организации, а также расчеты с поставщиками, заказчиками, расчеты по платежам налогов в бюджет, расчеты с фондами социального страхования и др.
Учет в подсистеме осуществляется с помощью ввода платежных документов в соответствующие папки. В подсистеме можно оформлять следующие виды банковских документов: платежные поручения входящие, платежные поручения исходящие, банковская выписка общая и т.д.