При оприходовании товара с валюте (USD, EUR) пересчет в гривне без НДС идет правильно, сумма НДС отображается правильно (в гривнах), а общую сумму считает как сумму в долларах без НДС плюс НДС в гривнах. Курс доллара при следующем редактировании прихода исчезает.
Если вы заносите евро или доллар через кассу как оплату, то в акте сверки это воспринимается как гривна (даже если вы указываете курс и явно ставите валюту). Следовательно акт сверки выходит неправильный.