Для списания ТМЦ в подсистеме Управление торговлей и ТМЦ есть папка документов "Списание ТМЦ " заходим , добавляем накладную на списание, указываем счет списания и формируем проводки.
Проверьте на каком Материально ответственном лице и Подразделении находяться списываемые ТМЦ- такие же должны быть и в заголовке накладной на списание. Так же проверьте есть ли на дату списания остаток данных ТМЦ на складе т.е чтобы дата прихода была раньше или равна дате списания.