Такая возможность предусмотрена, но на практике нами не тестирована
Есть нюанс - при работе с несколькими организациями в одной базе нужно вести учет очень внимательно
Для начала, в параметрах системы нужно поставить галочку "Ведение учета по организациям"
Далее, нужно всегда следить за тем чтобы была активная база, с которой работаете (например, если вносите документы по организации1, а случайно оказалась активной организация2, необходимо будет удалять документы и вносить заново с активной организацией1).
Для того чтобы был порядок в информации по складу, необходимо заводить МОЛ и склад для каждой организации, например, МОЛ: 1 Петренко Орг1, 2 Петренко Орг2
Чтобы смотреть отчеты по группе - снимите галочку "Ведение учета по организациям"
Если будете использовать такую настройку - поделитесь опытом