В базовой настройке, учет розничной торговли можно реализовать с помощью папок:
PN 2 Приход ТМЦ (НДС 20%) - оприходование товара с указанием счета в шапке документа 28/281
SM 361 Передача товаров по отпускным ценам - добавляем накладную на передачу товара со склада в торговлю, в этой же папке сформируется проводка с торговой наценкой.
NK 5 Реализация за нал/расчет из магазина (НДС20%) - в этой папке за добавленным документом сформируется проводка по сторнированию торговой наценки (помимо других которые нужны при реализации).
Но, если путь слишком сложный и объемный, то можно создать папку(см. раздел документация
http://www.debet.kiev.ua/articles/INH/) "приход розничная торговля", а в секцию добавить проводку на отображение торговой наценки. Ее можно посмотреть в операции папки SM 361 Передача товаров по отпускным ценам.