Все оказалось очень просто

В базовой версии включено два совершенно одинаковых расчета для компенсации за неиспользованный отпуск, поэтому и сумма дважды считается в лицевом счете. Чтобы это исправить, зайдите в режим главного меню "Настройки" - "Настройка зарплаты" - "Формирование перечня расчетов", выделите мышкой расчет в группе "9000" с названиеем "44 Компенсация за неиспользованный отпуск" и выберите пункт контексного меню "Выключить расчет" (там должен остаться включенным расчет "10 Компенсация за неиспользованный отпуск"). После этого пересчитайте зарплату.